Безпека — це одна з основних переваг M.E.Doc. Програма використовує шифрування даних, багаторівневу аутентифікацію та регулярні резервні копії. Всі ваші податкові дані та конфіденційна інформація зберігаються в захищених серверах. Однак, як і в будь-якій системі, важливо дотримуватись найелементарних правил безпеки — не розповсюджувати пароль, регулярно змінювати пароль, користуватись безпечною мережею.